医療費控除は、支払った医療費のうち一定額を超える部分を、総所得金額などから引く制度である（所得税法第73条第1項）。
差し引く金額は10万円とは限らない
条文は「総所得金額等の5%」と「10万円」の小さいほうを差し引くと書いている（所得税法第73条第1項）。
その年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額の百分の五に相当する金額（当該金額が十万円を超える場合には、十万円）
つまり差し引くのは次のうち小さいほうである。
| 総所得金額等 | 差し引く金額 | 条番号 |
|---|---|---|
| 200万円未満 | 総所得金額等の5% | 所得税法第73条第1項 |
| 200万円以上 | 10万円 | 同項かっこ書き |
総所得金額等が200万円のとき、その5%はちょうど10万円になる。ここが境目である（所得税法第73条第1項）。
| 総所得金額等 | 5%の額 | 差し引く額 | 条番号 |
|---|---|---|---|
| 100万円 | 5万円 | 5万円 | 所得税法第73条第1項 |
| 150万円 | 7万5,000円 | 7万5,000円 | 同項 |
| 200万円 | 10万円 | 10万円 | 同項 |
| 300万円 | 15万円 | 10万円（かっこ書きで頭打ち） | 同項かっこ書き |
10万円と決め打ちすると、所得が少ない人ほど控除額を小さく見誤る（所得税法第73条第1項）。
セルフメディケーション税制は別の法律にある
一定の医薬品の購入額をもとに計算する特例は、所得税法第73条ではなく租税特別措置法第41条の17（特定一般用医薬品等購入費を支払つた場合の医療費控除の特例）にある。このページは所得税法第73条だけを計算している。
医療費控除は基礎控除などと同じ所得控除であり、引いた残額に所得税の税率を掛ける（所得税法第89条第2項）。
上限は200万円
その超える部分の金額が200万円を超える場合には200万円である（所得税法第73条第1項かっこ書き）。医療費をいくら払っても、控除額は200万円で止まる。
この上限は超える部分に掛かる。 支払った医療費そのものの上限ではない（所得税法第73条第1項かっこ書き）。
補てんされる部分は差し引く
第1項は「保険金、損害賠償金その他これらに類するものにより補てんされる部分の金額を除く」と書いている（所得税法第73条第1項かっこ書き）。
高額療養費（健康保険法施行令第42条第1項）、出産育児一時金（健康保険法第101条）、生命保険の入院給付金がこれに当たる。支払った額そのままではない。
傷病手当金や出産手当金は所得の補償なので、医療費を補てんするものではない。 高額療養費・出産育児一時金・傷病手当金・出産手当金を参照。
差し引く金額を引くより前に、この控除を行う（所得税法第73条第1項かっこ書き）。
医療費の範囲は政令にある
第2項は「医師又は歯科医師による診療又は治療、治療又は療養に必要な医薬品の購入その他医療又はこれに関連する人的役務の提供の対価のうち通常必要であると認められるものとして政令で定めるもの」と書いている（所得税法第73条第2項）。
「政令で定めるもの」で閉じている。 具体的な範囲は所得税法施行令第207条にあり、所得税法の本文には書かれていない。同令には、医師等による診療・治療、治療・療養に必要な医薬品の購入、病院等への収容、あん摩マツサージ指圧師等による施術などが並んでいる。
この道具は範囲の判定をしていない。金額を入れてもらう形にしている。
セルフメディケーション税制との選択
一定の医薬品の購入額をもとに計算する特例が、租税特別措置法第41条の17にある。 所得税法第73条の医療費控除とはどちらかを選ぶ（同条第1項「その者の選択により」）。
| 差し引く額 | 上限 | 条番号 | |
|---|---|---|---|
| 医療費控除 | 総所得金額等の5%と10万円の小さいほう | 200万円 | 所得税法第73条第1項 |
| セルフメディケーション税制 | 1万2,000円 | 8万8,000円 | 租税特別措置法第41条の17第1項 |
両方は使えない。セルフメディケーション税制を参照。
住民税の医療費控除は同じ算式
住民税の側も同じ5%・10万円・200万円である（地方税法第314条の2第1項第2号）。所得税と数字が一致している数少ない控除である。ただし条は別で、市町村民税は地方税法第314条の2第1項第2号、道府県民税は同法第34条第1項第2号にある。
基礎控除や配偶者控除は所得税と住民税で額が違う。 医療費控除が同じだからといって、他も同じとは限らない。基礎控除を参照。
よくある取り違え
1. 「10万円を超えないと使えない」
総所得金額等が200万円未満なら、10万円未満でも使える（所得税法第73条第1項）。差し引くのは5%と10万円の小さいほうである。
2. 「自分の医療費だけ」
自己又は自己と生計を一にする配偶者その他の親族に係る医療費である（所得税法第73条第1項）。生計を一にしていれば、配偶者や親の医療費も合算できる。扶養控除の対象になっている必要は無い。
3. 「保険金は関係ない」
補てんされる部分は除かれる（所得税法第73条第1項かっこ書き）。
4. 「上限は無い」
200万円が上限である（所得税法第73条第1項かっこ書き）。
5. 「市販薬もすべて医療費控除の対象」
医療費の範囲は政令で定めるものに限られる（所得税法第73条第2項）。市販薬のうち一定のものは、租税特別措置法第41条の17のセルフメディケーション税制の側で扱われる。
よくある質問
総所得金額等とは何ですか
総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額である（所得税法第73条第1項）。基礎控除の段を決める「合計所得金額」（所得税法第2条第1項第30号）とは、条文上の語が違う。条文が使っている語をそのまま読むこと。
生計を一にするとは同居のことですか
所得税法第73条第1項は「生計を一にする」としか書いていない。 同居を要件にしていない。
支払った年と治療を受けた年が違う場合は
第1項は「その年中に支払つた」と書いている（所得税法第73条第1項）。支払った年で数える。
通院の交通費は入りますか
医療費の範囲は所得税法施行令第207条にある。 所得税法第73条第2項は「政令で定めるもの」と書いているだけで、本文には具体的な範囲が無い。
確定申告をしないと使えませんか
所得税法第73条には申告の要件が書かれていない。 ただし年末調整では処理されない控除である。
家族の分をまとめて1人が引けますか
所得税法第73条第1項は「その居住者の」総所得金額等から控除すると書いている。 支払った人が引く形になる。
所得税の計算のどこに入るか
医療費控除は所得控除である。所得税法第21条第1項第3号の段で、税率を当てる前の所得から引く。
所得控除どうしの順序は、雑損控除だけが先と決まっている（所得税法第87条第1項）。同項は医療費控除を名指しで挙げている。引く先は総所得金額・山林所得金額・退職所得金額の順である（同条第2項）。雑損控除を参照。
判定に使う所得は繰越控除の前
総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額である（所得税法第73条第1項）。
純損失の繰越控除（所得税法第70条）や雑損失の繰越控除（同法第71条）を適用した後の額かどうかは、第73条第1項に書かれていない。
この道具は、入れてもらった額をそのまま使う。
3つの項でできている
所得税法第73条は3つの項でできている。
| 項 | 何を定めるか |
|---|---|
| 第1項 | 控除額の計算 |
| 第2項 | 医療費の範囲（政令に委ねる） |
| 第3項 | 「医療費控除」という名称 |
名称を決めているのは第3項である。 第1項ではない。基礎控除（所得税法第86条第2項）や寄附金控除（同法第78条第3項）も同じ形をしている。
生計を一にする親族の分も合算する
自己又は自己と生計を一にする配偶者その他の親族に係る医療費である（所得税法第73条第1項）。
扶養控除の対象になっている必要は無い。 所得税法第2条第1項第34号の扶養親族の要件（合計所得金額58万円以下）は、医療費控除には掛からない。
支払った人の側で引く。 第1項が「その居住者の……総所得金額……から控除する」と書いている。
この計算が扱っていないこと
- 医療費の範囲の判定（所得税法施行令第207条）。金額を入れてもらう形にしている
- セルフメディケーション税制（租税特別措置法第41条の17）。別の道具にしている
- 住民税の医療費控除（地方税法第314条の2第1項第2号）