青色申告特別控除は、青色申告書を提出することにつき税務署長の承認を受けている個人が、不動産所得・事業所得・山林所得から一定額を引ける制度である（租税特別措置法第25条の2）。
3つの額は、別々の項にある
租税特別措置法第25条の2は、10万円・55万円・65万円を1つの表に並べていない。項が分かれている。
| 額 | 条番号 | 主な要件 |
|---|---|---|
| 10万円 | 租税特別措置法第25条の2第1項第1号 | 青色申告書を提出することにつき税務署長の承認を受けている |
| 55万円 | 租税特別措置法第25条の2第3項第1号 | 不動産所得または事業所得を生ずべき事業を営み、正規の簿記により記録している |
| 65万円 | 租税特別措置法第25条の2第4項 | 55万円の要件に加えて、電子帳簿保存または e-Tax による申告 |
65万円という数字は、第4項に単独で書かれているのではない。 第4項は「同項第一号中『五十五万円』とあるのは、『六十五万円』として、同項の規定を適用することができる」と書いている（租税特別措置法第25条の2第4項）。第3項第1号の読み替えである。65万円という数字が書かれた独立の項は無い。 読み替えの規定を読まないと辿り着けない。
所得の金額でも頭打ちになる
第1項は「次に掲げる金額のうちいずれか低い金額を控除した金額とする」と書き、第1号に10万円、第2号に所得の金額の合計額を挙げている（租税特別措置法第25条の2第1項）。第3項も同じ形である（同条第3項第1号・第2号）。
したがって事業所得が30万円しかなければ、55万円の要件を満たしていても控除は30万円になる（租税特別措置法第25条の2第3項第2号）。
赤字のときは0円である。 所得を超えて引くことはできない。青色申告特別控除で所得がマイナスになることはない。上の計算は、頭打ちになったかどうかを出している。
55万円と65万円は山林所得を対象にしない
第1項は不動産所得・事業所得・山林所得の3つを挙げているが、第3項は不動産所得と事業所得の2つしか挙げていない（租税特別措置法第25条の2第1項・第3項）。
山林所得しかない場合、受けられるのは10万円までである（租税特別措置法第25条の2第1項）。
引く順番が決まっている
控除すべき金額は、不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額から順次控除する（租税特別措置法第25条の2第2項）。
不動産所得から先に引く。この順序は結果に効く。 不動産所得と事業所得の両方があるとき、どちらから引くかで残る所得の内訳が変わる。
所得税法ではなく租税特別措置法にある
青色申告特別控除は所得税法に無い。租税特別措置法第25条の2にある。
青色申告の承認そのものは所得税法第143条以下にある。 承認の申請は同法第144条、帳簿書類の備付けは同法第148条である。制度が2つの法律にまたがっている。
青色申告書とは
青色申告書とは、承認を受けている居住者が提出する確定申告書等をいう（所得税法第143条）。
承認は税務署長が与える（所得税法第147条）。申請書の提出があった年の12月31日までに承認または却下の処分がなければ、承認があったものとみなされる。
承認は事前に受ける
青色申告の承認を受けようとする居住者は、その年の3月15日までに申請書を提出しなければならない（所得税法第144条）。
その年1月16日以後に新たに業務を開始した場合は、業務を開始した日から2か月以内である（同条ただし書）。
帳簿書類の備付け
青色申告書を提出する居住者は、財務省令で定めるところにより帳簿書類を備え付けてこれに取引を記録し、保存しなければならない（所得税法第148条第1項）。
この定めは租税特別措置法第25条の2には無い。
青色事業専従者給与は別の条
青色申告者が家族に払う給与を必要経費にする制度は、所得税法第57条第1項にある。 青色申告特別控除（租税特別措置法第25条の2）とは別である。
青色事業専従者として給与の支払を受ける人は、扶養親族や同一生計配偶者から除かれる（所得税法第2条第1項第33号・第34号）。扶養控除・配偶者控除を参照。
適用期間の定めが無い
租税特別措置法第25条の2には、適用期間の定めが書かれていない。
同じ措置法でも、交際費（第61条の4第1項）やセルフメディケーション（第41条の17第1項）には期間の定めがある。 条ごとに違う。
端数の扱い
租税特別措置法第25条の2は端数について何も書いていない。
よくある取り違え
1. 「65万円は条文に書いてある」
読み替えで出る（租税特別措置法第25条の2第4項）。第3項第1号の「五十五万円」を「六十五万円」として適用する形である。
2. 「青色申告特別控除は所得税法にある」
租税特別措置法第25条の2にある。 所得税法には青色申告の承認（所得税法第143条以下）がある。
3. 「赤字でも65万円引ける」
不動産所得と事業所得の合計額が限度である（租税特別措置法第25条の2第1項第2号）。
4. 「複式簿記なら自動的に65万円」
55万円の要件に加えて、電子帳簿保存または e-Tax による申告が要る（租税特別措置法第25条の2第4項）。
5. 「雑所得でも使える」
不動産所得または事業所得を生ずべき事業が要件である（租税特別措置法第25条の2第3項第1号）。
よくある質問
承認はどうやって受けますか
所得税法第144条に申請の定めがある。 租税特別措置法第25条の2には書かれていない。
帳簿はどれくらい保存しますか
所得税法第148条に備付けの定めがある。
不動産所得だけでも使えますか
使える。 第3項第1号が「不動産所得又は事業所得を生ずべき事業」と書いている（租税特別措置法第25条の2第3項第1号）。ただし事業的規模かどうかの判定は同条には書かれていない。
山林所得からも引けますか
引く順序に山林所得が入っている（租税特別措置法第25条の2第2項）。不動産所得・事業所得から引いた後の話である。
期限後申告でも使えますか
租税特別措置法第25条の2には申告期限の定めが書かれていない。
青色申告特別控除と基礎控除は両方引けますか
引ける。段が違う。 青色申告特別控除は所得の計算の中（所得税法第21条第1項第1号の段）、基礎控除は所得控除（同項第3号の段）である。基礎控除を参照。
この計算が扱っていないこと
- 事業的規模かどうかの判定。不動産所得が「事業を生ずべき事業」に当たるかどうか
- 第4項の要件の判定（租税特別措置法第25条の2第4項）。電子帳簿保存または e-Tax による申告を満たすかどうかは利用者が選ぶ形にしている
- 社会保険診療報酬の調整。租税特別措置法第26条第1項の適用がある場合、その部分の金額は第2号の所得から除かれる（同法第25条の2第1項第2号かっこ書き）
- 青色申告の承認（所得税法第143条以下）
- 帳簿書類の備付け（所得税法第148条）
- 青色事業専従者給与（所得税法第57条第1項）
数字をどう確かめたかは検算の方法にある。